مهدی کروبی در نامه‌ای به سید حسن خمینی، نوه امام، حادثه روز ۱۴ خرداد و توهین و جسارت به وی را در جوار مرقد مطهر مایه تاسف دانست و گفت: حضرتعالی خوب می‌دانید که این جماعت اندک سازمان‌دهی شده و آموزش دیده حساب‌شان از خیل عظیم عاشقان امام و دوستداران فرزندان و بستگان ایشان به خصوص شخص حضرتعالی جدا است.
کروبی در پیام خود با تسلیت مجدد سالگرد ارتحال حضرت امام به سید حسن‌ خمینی و سایر اعضاء بیت شریف امام راحل، حادثه دلخراش روز ۱۴ خرداد و توهین و جسارت به نوه امام در جوار مرقد مطهر و در حضور صدها هزار زائر و عزادار که از نقاط دور و نزدیک به منظور عرض تسلیت و ابراز همدردی به حضور اعضاء آن بیت شرافتمند و عزاداری و تجدید عهد با آرمان‌های بلند رهبر محبوب و فقید خود به آن مکان مقدس آمده بودند، را موجب تأسّف و تأثّر شدید و جریحه‌دار شدن وجدان و احساسات همۀ عاشقان و دل‌باختگان امام راحل دانست و  از خداوند متعال خواستار صبر و شکیبائی برای نوه‌ی امام و سایر منسوبان امام، در برابر این مظلومیت و بی‌حرمتی شد.
وی با اشاره به نگرانی‌های قبلی خود در مورد وقوع این حادثه و برنامه‌ریزی عده‌ای برای اختلال در این مراسم، گفت:  این حد از وقاهت را تصوّر نمی‌کردم و لذا چند روز قبل نسبت به حوادث تلخ آن روز هشدار داده بودم.
کروبی گفت: حضرتعالی خوب می‌دانید که این جماعت اندک سازمان دهی شده و آموزش دیده حساب‌شان از خیل عظیم عاشقان امام و دوستداران فرزندان و بستگان ایشان به خصوص شخص حضرتعالی جداست.
وی در ادامه نامه خود خطاب به نوه امام‌(ره)، نوشته است: جسارت و اهانت به ساحت بیت امام تازگی نداشته و بدون مقدمه نبوده است، یاران نزدیک امام ۲۰سال است که انواع سختی‌ها و تلخی‌ها را تحمّل و اهانت و توهین‌ها را به جان خریده‌اند و هر گونه شماتت و ملامت از هر اندیشه انحرافی از خط و راه بنیانگذار جمهوری اسلامی را دیده و شنیده‌اند و حاضر به عقب‌نشینی و سازش و بی‌تفاوتی نشده‌‌اند.
مهدی کروبی در نامه خود با اشاره به اینکه یاران و امام راحل هم اکنون، امکان دفاع از خود و سیره امام در هیچ رسانه‌ای را ندارند ولی در روزنامه‌ها و سایت‌هائی که از بیت‌المال مسلمین اداره می‌شوند، در تحریف کردن بیانات و سیرۀ امام و نسبت‌های ناروا و غیر واقعی به آن رهبر فرزانه فرو گذار نکرده و نمی‌کنند، آورده است: به حق که پدر شما فرزند و دست پرورده و شاگرد آن حکیم دوراندیش بود که مکرر به اینجانب که مدیریت مجلس سوم را داشتم تأکید می‌کرد هر چه زودتر قانون مؤسسه نشر تصویب شود که در تأخیر آفت است. مصوبه مذکور از افتخارات مجلس سوم است که در پایان آن دوره از مجلس ۴۱ نفر از نمایندگان رد صلاحیت شدند؛ از جمله نائب رئیس و همسر رئیس جمهور شهید. البته قابل تذکر است دلیل حذف آنها تصویب قانون مذکور نبود.
وی در ادامه نامه خود می‌نویسد: ای فرزند یادگار امام! و اعضاء بیت شریف امام راحل! بدانید که مرحوم احمد آقا خمینی زود رفت و رنج، محنت و مظلومیت را برای شما باقی گذاشت، خود را برای تحمّل همه شدائد آماده کنید. شما قطعاً اطّلاع دارید که امروز مروّج و مفسّر خط امام کسانی شده‌اند که در برابر امام صف‌بندی کرده بودند و از آن سوی یاران نزدیک امام اجازه سخن گفتن درباره امام را ندارند.
حتماً مطلع شده‌اید که حضرت حجت الاسلام و المسلمین امام جمارانی، میزبان امام در جماران، در حالی که بیست سال در ۱۵ خرداد مراسم عزاداری و اطعام سوگواران را برگزار می‌کرد و امسال که قرار بود در آن مراسم در حسینیه شماره دو جماران آیت‌الله موسوی بجنوردی که سال‌ها در نجف اشرف از محضر امام استفاده می‌کرد سخنرانی کند به او اجازۀ برگزاری مراسم داده نشد و یا به حضرت حجت الاسلام و المسلمین منتجب‌نیا نمایندۀ حضرت امام در شهربانی کل کشور اجازۀ سخنرانی در دانشگاه شهرکرد و در مراسم سالگر امام در کاشان داده نشد.
در این نامه آمده است: شما خوب می‌دانید که برخوردهائی که با یاران، نزدیکان و بیت حضرت امام می‌شود، هدفی جز انتقام‌گیری از امام را در بر ندارد و آن امام دور‌اندیش چه خوب پیش‌بینی کرد حوادث پس از خرداد را و طیّ نامه‌ای در دفاع از مرحوم احمد آقا و افشای چهرۀ زشت منافقان، که احمدآقا اجازۀ انتشار آن را در زمان حیات خود نداد، چنین نوشت: ” …… اینجانب هیچ‌گاه میل نداشته و ندارم که دربارۀ نزدیکان خود سخنی بگویم یا دفاعی کنم، لکن علاوه بر آنکه در پیشگاه مقدسّ حقّ- جلّ و علا- مقصر و مجرمم و از درگاه متعالش امید عفو و بخشش دارم و تمام سرمایه‌ام اعتراف به تقصیر و عذر از آن است و در نزد مسلمانان و ملّت عزیز نیز اعتراف به قصور و تقصیر و از آنان امید عفو وطلب آمرزش دارم، در پیش گروه‌هائی و اشخاصی گناهانی نا بخشودنی دارم و احتمال قوی می‌دهم که پس از من برای انتقام‌جوئی از من به بعضی نزدیکان و دوستانم تهمت‌ها که من آنها را ناروا می‌دانم بزنند و به آتشی که باید مرا بسوزانند آنان را بسوزانند و احیاناً به صورت دفاع از من انتقام مرا از آنها بگیرند و اکنون در حیات من گفت‌و گوها و زمزمه‌هائی به گوش می‌خورد که احتمال فوق را قوی‌تر می‌کند.
لهذا من احساس وظیفه شرعیّه نمودم برای رفع ظلم و تهمت، نظر خود را نزد ملّت عزیز اظهار کنم که از قبلِ من در این خصوص تقصیری نباشد، یکی از آنان که بیش از همه احتمال انتقام‌جوئی از من دربارۀ او می‌رود «احمد خمینی» فرزند اینجانب است، اینجانب در پیشگاه مقدّس حق شهادت می‌دهم که از اوّل انقلاب تاکنون و از پیش از انقلاب در زمانی که وارد این مسائل سیاسی شده است از او رفتار یا گفتاری که بر خلاف مسیر انقلاب اسلامی ایران باشد ندیده‌ام …. ”
کروبی در نامه خود خطاب به نوه امام‌(ره)، نوشته است: سرکار خانم دکتر زهرا مصطفوی عمّه بزرگوار شما، در زمان رحلت پدر گرامی‌تان حاج احمد آقا در نامه‌ای خطاب به او نوشت: ”زندگی تو همیشه تلخ بود و امروز بر تلخی آن افزوده شده، تو که خود را فدای امام و انقلاب کردی امروز نیز تو را برای انتقام از امام و انقلاب به قربانگاه می‌برند، به اسم حمایت از انقلاب و امام، امام را تخریب می‌کنند و برای رسیدن به این منظور تو را جفاکارانه هدف گرفته‌اند” سپس افزود: ”در هر حال آگاه باش و می‌دانم که آگاهی، دشمنان این ملّت برای آنکه امام را سر راه خود یافته‌اند، راهی ندارند مگر آنکه امام را تخریب کنند، برای نیل به این مقصود هر کسی را متهم می‌کنند، شخصیت هر شخصی را می‌کشند و از زبان هر کسی سخن می‌گویند و تو، نه اولّین متهم آنها هستی و نه آخرین نفر، و تو هم تنه مظلومی نیستی که من بخواهم از تو دفاع کنم، دفاع از تو را که دفاع از امام و انقلاب است به زمان دیگری واگذاشته‌ام ” آنگاه برای آرامش خاطر پدر بزرگوار شما جمله‌ای از امام را نقل می‌کند: ”پسرم ! تو با آنکه در هیچ شغلی از شغل‌های سران اسلامی ایّدهم تعالی وارد نیستی، این سیلی‌های طاقت‌فرسا را که می‌خوری برای آن است که فرزند منی، و به حسب فرهنگ غرب و شرق باید من و هر کسی به من نزدیک و به ویژه تو که از هر کس نزدیک تری مورد تهمت و آزار و افترا واقع شود، در حقیقت جرم تو این است که فرزند منی، و این در نظر آنان کم جرمی نیست… پس سیلی‌ها را بخور و شکر خداوند را بجا آور که چنین عنایتی فرموده و آرزوی بیشتر کن.”