دکتر محمود احمدی‌نژاد به‌عنوان رییس شورای عالی انقلاب فرهنگی، اساسنامه جدید دانشگاه آزاد اسلامی را برای اجرا ابلاغ کرد. در اساسنامه جدید دانشگاه آزاد اختیارات هیأت موسس، هیأت امنا و رییس این دانشگاه محدود شده است و نام میرحسین موسوی نیز از هیأت موسس دانشگاه حذف شده است. هیأت مؤسس مرکب از ۹ نفر شامل آقایان: اکبر هاشمی رفسنجانی، سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی، عبدالله جاسبی، علی‌اکبر ولایتی، حسن حبیبی، سیدحسن خمینی، محسن قمی و حمید میرزاده می‌باشد که در ترکیب جدید هیأت موسس که نام موسوی حذف شده است، حمید میرزاده یکی از مدیران نهاد ریاست جمهوری، حسن حبیبی از اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی، علی‌اکبر ولایتی مشاور مقام معظم رهبری و محسن قمی از مسئولان دفتر رهبری به عنوان اعضای جدید هیأت موسس دانشگاه آزاد هستند.
طبق اساسنامه جدید، ترکیب اصلی هیأت اداره کننده دانشگاه را شورای عالی انقلاب فرهنگی، وزارت علوم و دفتر نمایندگی رهبری در دانشگاه‌ها تعیین می‌کنند براساس مصوبه جدید شورای عالی انقلاب فرهنگی اساسنامه جدید جای‌گزین اساسنامه‌ای می‌شود که در سال ۱۳۶۶ به تصویب همین شورا رسیده بود. در اساس‌نامه جدید با محدود کردن دوره ریاست به ۴ سال زمینه تغییر رییس کنونی دانشگاه فراهم شده است.